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La CNAP est le résultat d’un mécanisme enclenché depuis 2003 sous forme de Point Focal. Ce mécanisme fut renforcé le 29 avril 2006 en une Commission Technique de désarmement de la population civile (CTDC) par le Décret N° 100/123 avec un mandat de deux ans renouvelables.
Le 26 mai 2008, une Commission nationale de désarmement de la population civile (CDCPA) en remplacement à ce dernier fut mise en place par le Décret N° 100/88. En vue de lutter de façon permanente et efficace le problème lié à la prolifération des armes légères et de petit calibre, une Commission Nationale Permanente (CNAP) fut mise en place le 7 octobre 2010 par le Décret N°100/19
La Commission Nationale Permanente de lutte contre la prolifération des armes légères et de petit calibre est une institution qui a été mise en place en vue d’exécuter le Plan d’Action National (2011-2015) sur le contrôle, la gestion des ALPC et le désarmement des civils et les instruments régionaux et internationaux que le Burundi a ratifiés dans ce domaine.